秀吉の方が優秀なのに信長の方が人気がある理由

人質の不正な呼び戻し
重次は、家康の次男・於義丸（後の結城秀康）と共に秀吉へ人質として差し出されていた自分の息子・仙千代（後の本多成重）を、「妻（仙千代の母）の看病をさせたい」と嘘をついて呼び戻した。これは人質契約に反する行為であり、秀吉の信頼を損ねた（『藩翰譜』の記述）。

大政所への脅し行為
天正14年（1586年）、家康が秀吉に臣従する代償として、秀吉の生母・大政所が岡崎に下向した際、重次は大政所の宿舎に大量の薪を積み、「もし家康に害があれば、即座に大政所を焼き殺す」という威嚇を行った。秀吉が親孝行で知られていただけに、この行為は特に秀吉の怒りを買った。

対面拒否の無礼
小田原攻めの折、秀吉が岡崎城に立ち寄った際、本来なら対面する予定だったにもかかわらず、重次はそれに応じなかった。相手が天下人・秀吉であるにも関わらず、城にいながら会おうとしない姿勢が、強い不快感を与えた。

これらの行動はいずれも、重次の過剰なまでの「家康への忠誠」と「警戒心」から来るものだが、秀吉から見れば無礼で脅迫的な行為に映り、度々問題視される原因となった。