「津軽為信」「最上義光」「佐竹義重」「鍋島直茂」←信長の野望のこいつらw

永禄3年（1560年）10月6日、大友氏の侵攻によって祖父・土居清宗や父は伊予石城で戦死して一家は没落し[1]、15歳の清良は土佐一条氏の下で被官となる。この頃、後の河後森城主となる渡辺教忠と共に過ごしている。数々の功績により伊予帰還を認められ、伊予大森城主として三間3村、約2千石の領主となる。

一条氏から離れた後は西園寺氏に属し、大友氏、一条氏、長宗我部氏の侵入を防いだ。毛利氏の援軍として、中国地方各地を転戦し、名を上げたという。当時の四国勢としては珍しく、配下の者全員に鉄砲を装備させており、総勢300名程度の小軍でありながら、圧倒的な戦力であったとされる。『清良記』によれば、天正9年（1581年）には長宗我部氏の大軍を岡本城に迎え撃ち、知略をもって長宗我部元親の家老・久武親信を討ち取る戦功を上げている。

天正15年（1587年）、四国攻めの際に小早川隆景に所領を安堵されたが、小早川氏の九州転封に伴い、下野する。伊予宇和郡に戸田勝隆が封じられ、浅野長吉による検地が行われると一揆が発生したため、勝隆の求めに応じて清良も鎮撫にあたった。この一揆の背後に旧主・西園寺氏の使嗾があったと疑った勝隆は西園寺公広らを謀殺した。西園寺氏旧臣たちには仕官の誘いがあり、清良と並ぶ西園寺氏重臣・法華津前延は200石でこれを受け、清良は1000石で誘われたがこれを断った。その後、藤堂高虎からも仕官の誘いがあったが断り隠棲した。

『清良記』は土居一族の末裔である三間三島神社の元神官・土居水也が、慶安3年（1650年）より承応3年（1654）に没するまでに完成させたとされている。しかし下に述べるように、現存する『清良記』は水也による原本ではなく、後世に改編者の手によって大幅な加筆・改編が加えられたものと考えられる。

この改編の過程で、四国地方や丹波亀山・因幡鳥取・播磨上月城への遠征など、改編者による「空想」に基づく創作が混入されるようになった。たとえば、小早川氏のもとで中国遠征に加わった清良が大手柄を立てた場所として戦国時代にはない「備後福山」の地名が用いられたり、登場する人物にも多く架空名・仮託名が使われたりしている。この結果、『清良記』は軍記物・講談本に近い性格のものとなり、史料としての価値を損ねてしまっている。

愛媛県立松山農業学校校長の菅菊太郎によって、永禄7年（1564年）のものとされる「親民鑑月集」の記載が注目され、「わが国最古の農書」と喧伝されるようになった。しかし、上述のように『清良記』の成立時期や記載内容の真偽については議論があり、16世紀後半の土居清良当時の農業を記したものとしてそのまま信用することはできないと考えられている。農書部分の記述内容は農業史・社会経済史などの観点から着目されているが、史料批判が課題となっている。